Le château de Nijo fut construit en 1603 en tant que résidence officielle de Kyoto du 1er shogun de Tokugawa, Ieyasu. Il fut achevé en 1626 par le 3ème shogun Iemitsu qui transféra certaines structures du château de Fushimi construit pendant la période Momoyama (1573-1614). Les décorations de Nijo sont représentatives de l'architecture de Momoyama. A cette époque, ce château était le symbole du pouvoir et de l'autorité du gouvernement militaire de Tokugawa.
Quand Yoshinobu, le 15ème shogun de Tokugawa laissa la souveraineté à l'empereur en 1867, le château fut donné à la famille royale. En 1884 il fut renommé Nijo Detached Palace et en 1939 fut donné à la ville de Kyoto renommé Nijo-jo et ouvert au public.
Ce château est une véritable relique historique. Le palace Ninomaru est un trésor national, et 22 autres structures (incluant la porte est principale) sont considérés comme étant d'importantes propriétés culturelles. Au total le château occupe une surface de 275 000 m2 dont 7 300 sont occupés par des bâtiments.